Ученый закрепил основные свои выводы и наблюдения и в главах готовившегося к печати первого тома академического издания «Истории Москвы» (книга вышла в свет в 1952 г.). М. Н. Тихомиров выступил 9 сентября 1947 г. с докладом «Первые два века Москвы» на общем собрании Отделения истории и философии АН СССР, посвященном 800–летию Москвы, читал публичные лекции о Москве и ее роли в образовании централизованного государства (в Политехническом музее в 1947 г. и в 1951 г., в Московской партийной школе). 6 июня 1954 г. академика М. Н. Тихомирова попросили выступить при открытии памятника Юрию Долгорукому в Москве; 23 ноября 1954 г. об истории Москвы он говорил в Доме пионеров. В личном архиве его сохранились краткие тезисы этих выступлений (М. Н. Тихомиров не имел дара ораторской импровизации и обычно готовился к публичным выступлениям; но разговорный его язык отличался образностью, меткостью и точностью характеристик).
В середине 1940–х гг. формируется школа учеников М. Н. Тихомирова, готовивших под его руководством дипломные сочинения и диссертации. И нетрудно обнаружить неугасающий интерес и учителя, и учеников к тематике по истории Москвы, к историческим сочинениям, написанным в Москве. Особо следует выделить диссертацию Дины Исааковны Тверской, ставшую основой ее книги «Москва второй половины XVII века – центр складывающегося Всероссийского рынка» (1959), изданной под редакцией академика М. Н. Тихомирова. Много сделала для изучения Москвы Д. И. Тверская и как музейный работник – автор музейных экспозиций и теоретик музейного дела. Накануне своей кончины 10 августа 1975 г. она готовила статью и доклад на тему «М. Н. Тихомиров и музеи», основанные на привлечении и архивных материалов.
Проблемы истории средневекового города и особенно Москвы той поры привлекают внимание ученого и позднее. Накапливается новый фактический материал, возникают новые соображения, формулируются новые обобщающего характера наблюдения. И снова одно за другим выходят исследования: «Древнерусские города» (1956) и «Средневековая Москва в XIV–XV веках» (1957).
В предисловии к новой книге о Москве М. Н. Тихомиров писал, что исследование основано на книге «Древняя Москва», «но оно не является просто переработкой более раннего текста». Задача той книги была: показать, что Москва впервые названа в летописях уже городом и развивалась как все возрастающий город, связанный и с международным обменом. Но «теперь нет необходимости эту мысль доказывать, так как она уже принята в нашей исторической литературе». И потому «основная задача» новой книги – «более или менее всестороннее освещение жизни русского средневекового города XIV–XV столетий. Исследование ограничено рамками этих столетий, потому что предшествующие века в истории Москвы освещены только немногими письменными свидетельствами и археологическими находками, сделанными на ограниченной территории». С конца же XV в. начинается для Москвы «новый период». Внешние показатели этого: строительство Кремля и переустройство посадов при Иване III; в области политической истории – и для истории России и для истории Москвы – присоединение Новгорода и падение татарского ига.
Построение и распределение материала новой книги заметно отличается от книги 1947 г. Там сведения о ремесле и ремесленниках приведены в одной небольшой главе; в книге же 1957 г. две главы: «Московское ремесло» и «Ремесленное население Москвы. Черные сотни и слободы». Значительно больше материала приведено о торговле и московском купечестве, о московском просвещении и литературе. Появились новые главы – «Московское боярство», «Митрополичий двор. Церкви. Монастыри. Духовенство», «Классовая борьба и восстания черных людей», «Городские бедствия и происшествия». Приложен указатель географических, этнографических и топографических названий. В то же время исключено приложение с повестями о начале Москвы.
Мартом 1956 г. датирована записка М. Н. Тихомирова о составлении «Московского некрополя». Он, видимо, знал то, что сделано было в этом направлении П. Н. Миллером и другими москвоведами. В записке предлагалось составить «полный список захоронений выдающихся лиц, похороненных в Москве, памятники или могилы которых сохранились до настоящего времени». Отмечая особое значение надгробных надписей как важных источников по истории культуры и о прошлом Москвы, М. Н. Тихомиров считает необходимым цитировать их в описании памятников, а «наиболее замечательные могилы» фотографировать. «Московский некрополь» должен был стать и «своего рода охранным документом».
Первый том издания, по его мнению, следовало посвятить захоронениям в Кремле, на Красной площади, в Китай—городе, «дальнейшая работа проводится по отдельным кладбищам». Однако замысел этот остался тогда неосуществленным.
М. Н. Тихомиров, издавна тесно связанный с музеями, активно участвовал в работе Музея истории и реконструкции г. Москвы (в частности, выезжал на места вновь открытых старых зданий или фрагментов их и приглашал на такие консультации своих учеников), в создании Музея имени Андрея Рублева. Он помог сохранению основных принципов экспозиции Оружейной палаты, утверждая в выступлении на совещании 1955 г., что Оружейная палата «создает впечатление колоссального богатства и колоссальной заботы о собирании вещей». М. Н. Тихомирова волнуют не только судьбы музеев и памятников истории и культуры, но и то, что у научной молодежи не воспитывается потребность в познании этого. В статье 1956 г. о подготовке молодых ученых к исследовательской работе он с огорчением и недоумением даже замечает: «…знакомство с памятниками старины, столь многочисленными в Москве, считается необязательным для историков. Иной аспирант—историк просидит в Москве три года и за это время ухитрится ни разу не повидать московские исторические памятники; например, пишет о 1905 годе и не побывает на Красной Пресне».