Это положение Шувалова скоро заметил и президент Академии наук Разумовский. Разумовский и его креатура Теплов, совершенно равнодушные к судьбе университета и гимназии в Петербурге, занялись созданием университета в Батурине, резиденции Разумовского как малороссийского гетмана. По проекту, разработанному в 1760 г., малороссийский гетман, в данном случае Разумовский, должен был пожизненно носить титул фундатора и протектора Малороссийского Батуринского университета. Проект остался неосуществленным, но он с достаточной ясностью показывает, какие реальные политические интересы за ним стояли. Роль Шувалова в основании Московского университета была объективно положительной, но диктовалась она не только любовью к науке и искусствам, но и интересами его карьеры.
Подлинным основателем и создателем Московского университета был Михаил Васильевич Ломоносов. Он сам называет себя «участником при учреждении Московского университета», который «первую причину подал к основанию помянутого корпуса». В письме Шувалову в 1760 г. Ломоносов ставит себе в заслугу, что он «и прежде сего советы давал о Московском университете».
Ломоносов увидел в молодом Шувалове человека, при помощи которого могло быть создано великое дело «заведения российских студентов». Возможности для создания университета в Москве были окончательно установлены Ломоносовым во время его посещения Москвы в 1753 г., когда в ней находились императрица и двор. Приезд Ломоносова в Москву явно следует сопоставить с подготовкой к основанию университета в Москве, хотя он и ездил туда как будто по делам мозаичной фабрики. Недаром поездка Ломоносова в Москву встретила решительные препятствия академического начальства, вследствие чего Ломоносов вынужден был испросить позволения на поездку и паспорт от Сенатской конторы, а не от Академии. Явившись в Москву, где в то время находилась императрица, Ломоносов представился Разумовскому как президенту Академии наук. Тот сделал вид, что не возражает против приезда Ломоносова, так как открыто высказать свое неудовольствие было неудобно: Ломоносов был ведь принят императрицей, которая «благоволила подать ему довольные знаки своего высочайшего благоволения». А добиться этих знаков возможно было только при помощи фаворита императрицы, все более входившего в силу.
Трудность положения Ломоносова заключалась в том, что он был настоящим организатором и создателем высшего образования в России, а вынужден был уступать видимость этой чести молодому фавориту. Шувалов во что бы то ни стало хотел быть «изобретателем сего полезного дела», создателем Московского университета.
В решительный момент подготовки «доношения» в Сенат Ломоносов проявил себя великим гражданином и патриотом, принесшим в жертву свое самолюбие во имя общенародного дела. Нельзя без волнения читать его письмо Шувалову по поводу проекта «доношения» в Сенат, написанное в мае 1754 г. «При сем случае довольно я ведаю, сколь много природное дарование служить может и многих книг чтение способствовать. Однако и тех совет вашему превосходительству не бесполезен будет, которые сверх того университеты не токмо видали, но и в них несколько лет обучались, так что их учреждения, узаконения, обряды и обыкновения в уме их ясно и живо, как на картине, представляются. Того ради, ежели Московской университет по примеру иностранных учредить намеряетесь, что весьма справедливо, то желал бы я видеть план, вами сочиненной. Но ежели ради краткости времени или ради других каких причин того не удостоюсь, то уповая на отеческую вашего превосходительства ко мне милость и великодушие, принимаю смелость предложить мое мнение о учреждении Московского университета кратко вообще».
Великий русский ученый вынужден был писать об «отеческой милости» к нему молодого фаворита. Письмо Ломоносова как бы вводит нас в рабочую комнату предприятия, затеянного Шуваловым без знания дела и даже, по—видимому, без ясного плана. В сущности, великий ученый под видом восхищения талантами Шувалова прочитал ему нотацию о том, как надо подходить к серьезному делу, закончив свое краткое письмо словами: «Не в указ Вашему превосходительству советую не торопиться, чтобы после не переделывать. Ежели дней полдесятка обождать можно, то я целой полной план предложить могу». Не ограничиваясь заявлением о полном плане университетского образования, Ломоносов дает в письме наметку факультетов и кафедр Московского университета. Эту наметку следует сравнить с запиской Ломоносова в следственную комиссию Академии наук, которая была написана лет за десять до «доношения» в Сенат об основании Московского университета. В записке Ломоносова намечены те же три факультета – юридический, медицинский, философский, которые указаны в письме Шувалову. Правда, в записке указан и богословский факультет, но это отличие не имеет значения, так как и при основании Московского университета решался вопрос о теологическом или богословском факультете. Особенно настойчиво Ломоносов указывал на необходимость учреждения при университете гимназии, о значении которой он образно говорил, что университет без гимназии, «как пашня без семян».
Записка Ломоносова легла в основу учебного плана Московского университета. В университете были созданы три факультета: юридический, медицинский и философский, но число профессоров было несколько уменьшено. Специализация профессоров Московского университета также находилась в полном соответствии с письмом Ломоносова. Так, на юридическом факультете были учреждены три профессора кафедры: всеобщей юриспруденции, юриспруденции российской, политики. На медицинском факультете также были установлены три кафедры: химии, натуральной истории, анатомии. Некоторое сокращение производилось по философскому факультету, где вместо шести предложенных профессоров находим только четырех, но с теми же названиями, как и в плане Ломоносова: философии, физики, оратории (в том числе красноречия), истории с включением в нее древностей и геральдики.