Даниил умер 5 марта 1303 г. как «внук Ярославль, правнук великого Всеволода», наследник великих князей владимирских.
Вместе с его смертью для Москвы кончился период скромного существования в качестве второстепенного города, началось возвышение Москвы, сперва как центра северо—восточной Руси, а потом как центра всей России. За первые полтора века своего существования Москва проделала долгий путь от пограничного городка до центра отдельного княжества.
До сих пор нам приходилось говорить, главным образом, о внешнеполитических событиях, связанных с Москвой, почти не затрагивая внутренней истории города. И это совершенно понятно. Ведь, если даже внешнеполитические события XII–XIII веков и их взаимные связи улавливаются нами только с крайним трудом, то изучение внутренней истории Москвы как города за те же столетия представляется крайне затруднительным. Тем не менее, эта трудность не должна останавливать от попытки прорваться вглубь веков и показать Москву в те отдаленные времена, когда она представляется некоторым историкам совсем ничтожным городком или даже укрепленной княжеской усадьбой.
Москвичи XIV–XV веков поразительно мало знали о прошлом своего города. В середине XV века помнили только, что первой московской церковью был храм Рождества Иоанна Предтечи у Боровицких ворот, служивший соборной церковью при митрополите Петре. На месте церкви раньше был бор, «и церковь та в том лесе срублена, была тогды». В этом предании явно смешаны различные события: построение первой церкви в Москве на месте древнего бора и позднейшее значение этой церкви при митрополите Петре. Первое событие надо относить ко времени возникновения городка, следовательно, ко второй половине XII века, второе к гораздо более позднему времени, к началу XIV века. Однако и подобное указание имеет свою ценность как намек на твердую устную традицию, помнившую о существовании древнего бора на месте Кремля.
Лесистый характер территории первоначальной Москвы подчеркивается и названиями других московских церквей, стоявших под бором, т. е. рядом с дубовым или сосновым лесом. Кремлевские ворота, выходящие к Каменному мосту, до сих пор сохранили название Боровицких, несмотря на попытки их переименовать при царе Алексее Михайловиче. Те же отдаленные воспоминания о прошлом Кремлевского холма угадываются в названии церкви Спаса на Бору, находившейся во дворе Кремлевского дворца. Еще церковь «под бором» стояла на Солянке. Леса тянулись на другом берегу Москвы—реки, как показывает название церкви Черниговских чудотворцев «под бором» в районе современной Пятницкой улицы. Вероятно, московские леса были только частью мощного лесного массива, остатки которого сохранились и теперь к северо—востоку от города, где находится Лосиноостровский заповедник. Этот характер московской местности в древнее время имел немаловажное значение для защиты города от татарских набегов. Конные отряды татар предпочитали действовать в открытом поле, чем в лесах. Между тем путь татарских набегов обычно шел с юга, в основном почти совпадая или только несколько отклоняясь к западу от течения Москвы—реки. Линии этого татарского шляха из степи к Москве отмечены двумя важнейшими крепостями Московского княжества – Серпуховом и Коломной.
Несомненные оборонительные удобства представляло то обстоятельство, что за Москвой—рекой перед Кремлевским холмом находилось большое пространство, затопляемое весной. Это место с давнего времени называлось «болотом». Внезапный набег с юга тем самым делался почти невозможным, так как необходимо было переправляться через болото и реку раньше, чем оказаться под стенами Кремля. Таким образом, южная сторона московского города была прочно обеспечена. За синей лентой Москвы—реки здесь можно было заметить луга, и за ними вековой бор. Такой рисуется нам картина, которую можно было бы увидеть с кремлевского холма в момент создания московского городка, да, вероятно, и в ближайшее столетие после его возникновения.
Северо—западная сторона кремлевского треугольника была обращена к речке Неглинной, русло которой можно хорошо увидеть на старых планах Москвы. На современной карте русло этой реки можно вообразить, если провести линию, начиная от Москвы—реки по Александровскому саду вдоль кремлевских и далее Китайгородских стен до Неглинной улицы, а оттуда к северу по Неглинной до Трубной площади. Кремлевский холм ниспадал к берегам Неглинной крутым спуском, ясно различаемым и теперь в Александровском саду. Неглинная текла в болотистых берегах и хорошо защищала Кремлевский холм с северо—западной стороны. Позже течение Неглинной было перерезано плотинами, и река образовала несколько прудов, что еще более усилило кремлевскую оборону.
Менее всего Кремль был укреплен с восточной стороны. Впрочем, первоначальный Кремль занимал площадь, несравненно меньшую, чем в настоящее время. (По предположению И. Забелина, площадь примерно в 100 кв. сажен.) Восточная граница первоначального Кремля не доходила даже до позднейшей церкви Спаса на Бору. Следовательно, Кремль был небольшим городком. Остатки вала и рва были найдены близ юго—западного угла церкви Спаса на Бору при постройке Нового Дворца. Кремль занимал площадь на остром мысу при впадении Неглинной в Москву—реку, а узкий перешеек между ними был перекопан рвом, так что приступная сторона Кремля была более или менее хорошо защищена.
О размерах Кремля можно судить по местоположению первой церкви в Москве, во имя Рождества Иоанна Предтечи, существовавшей до 1847 года на старом месте: «Она находилась в 120 шагах от Боровицких ворот. Ввиду того, что церкви обыкновенно ставились приблизительно посередине селения, древнейший Кремль простирался, следовательно, по другую сторону церкви тоже на 100–120 шагов. Предположение это подтверждается остатками вала и рва, которые были найдены при постройке Большого Кремлевского Дворца (1838 г.) близ юго—западного угла церкви Спаса на Бору, то есть как раз в указанном расстоянии от церкви Рождества Иоанна Предтечи. Таким образом, весь Кремль в то время имел из конца в конец не более 200–250 шагов».